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在这一时期，王国内所有党派都希望让查理一世继续当国王，但有的派别要先给他提出些条件。查理一世因此一直拒绝作出重大让步，还打算解散新模范军，后者随即发生哗变。1647年12月，苏格兰和解誓约派在英格兰长老会的支持下同意帮查理一世重回王位。

在南威尔士、肯特、艾塞克斯以及兰开夏的骑士党力量响应苏格兰的入侵，也揭竿而起，英国皇家海军中还有部分力量也起义了。但是，由于起义力量各部之间缺乏协作，奥利弗·克伦威尔和托马斯·费尔法克斯所指挥的部队不久后就把他们各个击破了。战事在8月结束，1649年1月，查理一世被处决，英吉利共和国成立。

后来，查理一世的儿子查理二世成为苏格兰的新国王，导致1650年爆发第三次英格兰内战，也就是通常所讲的英格兰入侵苏格兰。

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核糖核酸酶P（Ribonuclease P，简写为RNase P）是一种核糖核酸酶。核糖核酸酶P也是一种核酶，即由一个RNA分子发挥催化活性，它是第一个被发现的蛋白质以外具有催化活性的生物大分子。它的功能是剪切tRNA分子中RNA上多余的或前体的多余序列。它的发现者悉尼·奥尔特曼在1970年代在研究前体tRNA中发现它可以剪切RNA的5'端，悉尼·奥尔特曼也因此获得了1989年度的诺贝尔化学奖。近期的研究发现核糖核酸酶P也具有一些新的功能，例如人类细胞核中的核糖核酸酶P对于正常并有效地转录多种非编码RNA（包括tRNA、5S rRNA、SRP RNA和U6 snRNA）的基因是必要的，这些基因是由RNA聚合酶III（人类细胞中三类主要的RNA聚合酶之一）来进行转录。

在细菌中，如大肠杆菌，核糖核酸酶P具有两个组分：一条RNA链（称为M1-RNA）和一个蛋白质（称为C5蛋白）。在细胞内，这两个组分对于功能的发挥都是必要的；但在体外（in vitro），M1-RNA可以独自发挥催化的功能。C5蛋白的作用主要是增强底物结合的亲和力，而活性位点金属离子结合亲和力的提高很可能能够加强M1-RNA的催化速率。细菌核糖核酸酶P的晶体结构显示它具有一个由共轴堆积的螺旋结构域构成的平整表面，这样一个平的表面有助于底物前体tRNA分子的结合和剪切。

在古菌中，核糖核酸酶P含有4-5个结合RNA的蛋白质亚基。体外重构实验显示，这些亚基中的每一个都通过核糖核酸酶P中的RNA组分参与对于tRNA的处理。古菌核糖核酸酶P中的蛋白质亚基结构已经通过X射线晶体学和NMR被解析，进一步揭示了这些亚基结构与功能的关系。

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