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由于很多微生物不能很容易地在实验室中培养（海水中的0.001~0.1%，土壤中的0.3%左右，活性污泥中1~15%可被分离培养），因此不能用传统的鉴别和描述菌株的办法研究它们。另外，随著聚合酶链式反应(PCR)技术的发展，人们可以快速扩增遗传物质DNA。
环境样品中DNA的扩增通常需要一组用于特定微生物的引物，而得到遗传物质的混合物，将其分离，随后进行测序和鉴别。经典的分离办法是通过克隆，将扩增的DNA片段插入到细菌质粒上实现的。较新的方法包括变性梯度凝胶电泳(DGGE)，可以更快地得到结果。
分子生态学的发展也和DNA芯片的使用紧密相关，该技术可以高通量检测环境中的特定生物或基因。
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