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跨膜结构域(Transmembrane domain)通常表示跨膜蛋白的单个α螺旋的跨膜区段。更广泛地说，跨膜结构域是任何跨膜蛋白质结构域。
跨膜螺旋在通过X射线衍射确定的膜蛋白结构中可见。它们也可以基于疏水性尺度来预测。因为双层磷脂质的内部和大多数已知结构的蛋白质的内部是疏水的，所以推测跨越膜的氨基酸也必须是疏水的。但是，离子帮浦和离子通道在通常非极性的跨膜片段中也包含许多带电和极性残基。
使用疏水性分析预测跨膜螺旋，可以依次预测蛋白质的“跨膜拓扑”。即预测其哪些部分突出进入细胞，哪些部分突出以及蛋白链穿过膜的次数。
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