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台湾清治末期，草山地区为一街庄，称为「草山庄」，隶属于基隆堡。该庄北边临海，东北与鼻头庄为邻，东及南与捞洞庄为邻，西南边有一小段与灿光藔庄为界，西边为南仔吝庄。

1901年（日治明治三十四年）11月，该庄隶属于基隆厅，编入第三区。1905年（明治三十八年）7月，第三区改名「瑞芳区」。1920年（大正九年），该庄改制为「草山」大字，隶属于台北州基隆郡瑞芳街，大字下有「草山」、「石梯坑」、「苦苓脚」小字名。

战后瑞芳街改制为瑞芳镇，隶属于台北县，大字亦改制为里。2010年12月，台北县升格为新北市，瑞芳镇改制为瑞芳区。

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同时也研究细菌中的非编码小 RNA（non-coding small RNA），发现细菌会利用其调控防御病毒感染和引发疾病，并研究这些小 RNA 的裁切与降解。

林淑端长期以大肠杆菌这种常见于人体肠道内的细菌为模型，进一步从肠道的无氧环境中，观察细菌如何透过 RNA 降解体调控生存能力并适应环境。2017 年发表的研究即是指出细菌在无氧环境中转变并存活的过程，也首度揭露大肠杆菌中含有糖酵解烯醇酶（glycolysis enolase）的原因。

林淑端投入 RNA 研究的启发包括他在美国德州大学达拉斯分校的老师 Hans Bremer，以及日本科学家富泽纯一。

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