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球囊菌门的菌丝体是多核的,通常采用无性生殖,在菌丝的末端产生直径约80~500微米的孢子(称为Glomerospores)。在某些情况中,孢子生成后会进一步形成球囊状的构造(saccule)。
早期对于球囊菌门的研究多半著重在其型态及土壤中、菌根内外孢子堆的构造「球囊菌门」的概念最早是在原囊霉属(Acaulospora)及Gigaspora两个属被提出,并和接合菌门Endogonaceae下的Glomus属共同被提升为科,合为球囊霉目(属于接合菌门)。1998年Cavalier与Smith提出「球囊菌纲(Glomomycetes)」的概念,并将球囊霉目归入其中(仍属接合菌门)。后来经Schüßler对该目下部分物种小亚基rRNA(SSUrRNA)的分析发现球囊菌目可自组一个门,便将其由接合菌门移出,新成立「球囊菌门」,又因发现有能产生类似球囊霉目孢子的种类应该属于另一个更分歧的种系,而新增了类球囊霉目(Paraglomerales)、原囊霉目(Archaeosporales)与多孢囊霉目(Diversisporales)三个目,与念珠藻(Nostoc punctiforme)形成丛枝菌根的Geosiphon pyriformis即属于原囊霉目。
现在的分类即是透过分子生物学的分析,不断修正才定出的。对于本门物种的分类研究尚未完成,有待继续研究,例如有些研究认为Glomus属下的许多物种应被分到其他科或属比较合适。
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