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1961年，亨特进入剑桥大学克莱尔学院就读自然科学系，3年后毕业并马上在同学院生物化学系的Asher Korner之下工作，跟Louis Reichardt及安东尼·R·亨特一同作业。翌年生物学家Vernon Ingram的一个演讲引起亨特对血红素合成的兴趣，因此他于1966年一个关于血红素合成的研讨会上，成功说服血液学家Irving London允许他从7月至10月，在其位于纽约市埃尔伯特爱因斯坦医学院的实验室工作。在他的博士导师阿什·哥纳的指导下，亨特的博士研究专注于兔子的网状红血球（即未完全发育的红血球）中的血红素合成；他在1968年获得博士学位。
得到博士学位后，亨特返回纽约欧文·伦敦的实验小组，跟其他成员一同发现小量氧化了的谷胱甘肽（即GSSG）便足以抑制网状红血球合成蛋白质的能力，以及双链核糖核酸（双链RNA）完全制止了蛋白质合成。回到剑桥大学后，他与安东尼·亨特和Richard Jackson (biochemist)一起工作。二人较早前发现了启动血红素合成的核糖核酸（RNA），即如今科学界认识的甲硫胺酸-转运核糖核酸复合体。3至4年后，三人再发现最少两个能够抑制血红素合成的化学物。
此外，亨特也定期在夏天于麻萨诸塞州Marine Biological Laboratory工作。1982年夏，他在海洋生物学实验室以其中一种海胆Arbacia punctulata为模式生物，在其卵子内发现周期素（cyclin）；这名称源于亨特爱好骑单车，以及周期素水平的周期性转变。
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