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蛋白质结构预测方法在预测具有低接触序的蛋白质结构方面更准确。这可能部分是因为低接触序的蛋白质往往很小，但可能是由于在最小化能量函数的全局优化过程中要考虑的可能的远程残基-残基相互作用的数量较少。与在实验确定的蛋白质结构中观察到的分布相比，即使是Rosetta方法等成功的结构预测方法也会过度产生低接触阶结构预测。
原生折叠接触序的百分比也可用作折叠过渡状态“原生性”的量度。结合分子动力学的Phi 值分析产生了过渡态模型，其接触序接近于小且快速折叠的蛋白质中的折叠状态。此外，过渡状态下的接触序以及原始状态下的接触序与整体折叠时间高度相关。
除了它们在结构预测中的作用外，还可以根据序列比对接触序本身进行预测，这可用于对与已知序列具有某种程度同源性的新序列的折叠进行分类。
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