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1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于新竹厅。1909年（明治四十二年）10月，合并二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「大河底」大字，隶属于新竹州竹南郡三湾庄。

战后三湾庄改制为三湾乡，隶属于新竹县，大字亦改制为村。1950年桃、竹、苗分治，三湾乡改隶属于苗栗县。

本地区发展较早的聚落有八股、新公馆、汤耙凸、十股、石莨（石崀）、三十份、三洽坑（部分）等，在日治期初期的官方地图上已有记载。此外，本地区尚有谷仓坪、头寮坑、大河底（十五份）、锡隘、石牌、下十股、伯公崀、上十股、纸寮下、马麟社等聚落。

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1948年，李汝祺为了解国际上将种群遗传学和数理统计结合起来进行研究的最新成就和方法，以客籍教授身份赴英国伦敦大学约翰·伯顿·桑德森·霍尔丹的实验室工作。1949年夏回到北京。此后一直在北京大学的动物系和以后的生物系任教授。

1950年代前期，因李汝祺不认同李森科学派的学说，他曾一度被停止遗传学教学和科研。1956年青岛遗传学座谈会召开后，李汝祺及其学生在北京大学生物系下创建细胞学及遗传学专业，李本人任细胞学及遗传学教研室主任，研究领域包括小鼠发生遗传学、摇蚊胚胎发育与基因表达、原核生物遗传学、细胞超微结构、细胞离体培养、脊椎动物性染色体，以及脊椎动物系统发育与同工酶演变。在这一期间，李曾出版《细胞遗传学的基本原理》、《发生遗传学》等著作。1950年李汝祺被选为中国动物学会第一任理事长。1978年10月，被选为中国遗传学会第一任理事长，并兼《遗传学报》编委主任。1991年4月李汝祺逝世。

李汝祺的夫人江先群，长期担任北京大学生物系高级实验员。他们有三个儿子。

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