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熹宗即位，惠世扬以灾异陈言，参劾大学士孙如游，荐高攀龙、刘宗周、孙居相、刘策、王之采等，又纠首辅方从哲。天启二年（1622年），大学士沈㴶配合魏忠贤大举内操，募兵隶于锦衣卫。惠世扬等上疏反对。历官太常寺少卿、大理寺少卿。天启五年（1625年），左副都御史王绍徽仿照《水浒传》的形式，编成《东林点将录》。惠世扬名列其中，冠以“天猛星霹雳火大理寺少卿惠世扬”，与杨涟、左光斗、周朝瑞、袁化中并称「马军五虎将」。终于以“结交内侍”罪名下狱，严刑拷打，抗论不屈，几死囹圄。

崇祯元年（1628年），经马鸣世等讼冤，惠世扬复官。次年，论劾尚书张鹤鸣，丁忧去官。崇祯六年（1633年），再起故官。崇祯十年（1637年），转南京大理寺卿。崇祯十一年（1638年），晋兵部右侍郎，改刑部添注右侍郎。崇祯十四年（1641年），调刑部左侍郎。。

明末投降大顺，任右平章。随即降清，任左副都御史，致仕回乡。姜瓖反清起事，绥德副总兵王永强奉惠世扬起兵响应。永历七年（清顺治九年，1652年）兵败米原镇，王永强自缢，惠世扬不知所终。

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