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基于核酸内切酶的基因编辑系统是由一个分子“剪刀”(如Cpf1)和一个由DNA构成的引导序列组成的。由DNA构成的引导序列会引领分子“剪刀”与靶向序列的DNA结合，使得靶向序列被切除。
由于原核生物需要保护自己免受噬菌体的侵袭，现有一种猜想认为每种噬菌体都有对应的分子“剪刀”免疫系统，所以还有大量的这样的系统等待人们去发现。
Cas9需要2条RNA分子来做DNA的剪切，然而，Cpf1只需要1条。Cas9蛋白在切割DNA双链时，两条链上的切口在两链的相同位置上，所以留下的末端是平末端（非粘性末端）。Cpf1蛋白则不同，其在DNA两条链上的切割位点不在同一位置上，因此会产生粘性末端。由于粘性末端的缘故，在Cpf1酶切末端上插入新序列比Cas9的酶切末端上更容易。
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