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* ，在结构上分为内核心寡糖和外核心寡糖，其中内核心寡糖由3个结构和3个庚糖结构组成。许多细菌的LPS核心多糖还包含非碳水化合物成分，例如磷酸盐、氨基酸和乙醇胺取代基等。绿脓杆菌在革兰氏阴性菌中具有最磷酸化的内核心寡糖：LD-Hep残基HepI被3个磷酸残基和1个PEtN修饰，而另一个LD-Hep残基HepII则被3个磷酸残基和1个氨基甲酰基（Cm）修饰。
* 脂质A，是细菌内毒素活性的根源，并且帮助脂多糖分子锚定在外膜上。与多糖链不同，脂质A和核心寡糖是具有LPS的革兰氏阴性菌均会存在的结构。绝大多数脂质A是由一个葡萄糖胺二糖构成的。其中大肠杆菌的脂质A在第1和4位点被磷酸化；在2和2位点各有一条脂肪酰链；在3和3位点上各有一条酯链，并且在二糖骨干上的2和3的主酯链上会再次酯化，连接一条次级脂肪酸链。这种结构通常在革兰氏阴性菌中，只会在各脂肪酸链所在的二糖主骨干的位点上会有所差异。脂质A可被宿主血清中的LPS结合蛋白（LBP）探查到。这依赖于分化辅助因子14（CD14）和骨髓分化因子2（MD2），然后被调理素受体CD14识别，形成一个三元复合物。随后这个复合物激活Toll样受体4（TLR4），从而引发信号级联反应，导致细胞因子和凝血因子的产生，以及CAMPs和其他刺激性分子的分泌。CAMPs会通过与带负电的脂质A磷酸基团结合来帮助确定入侵的病原体，最终导致细胞的裂解和死亡。
脂寡糖（Lipooligosaccharides，LOS）是脂多糖的相对不常见结构。LOS是在某些类型的革兰氏阴性细菌外膜中发现的糖脂，例如奈瑟菌属和嗜血杆菌属。该术语与细菌LPS的低分子量形式同义。LOS在维持革兰氏阴性细菌外膜的完整性和功能性方面起著核心作用。脂寡糖在某些细菌感染的发病机理中起著重要的作用。因为它们能够充当Immunostimulant。此外，LOS分子负责一些细菌菌株展示其分子拟态和Antigenic variation的能力，有助逃避宿主的免疫防御系统，从而提升细菌菌株的病毒性。 脂寡糖缺乏多糖链，仅具有基于脂质A的外膜锚定部分和寡糖核心。在脑膜炎双球菌的情况下，分子的脂质A部分具有对称结构，内核心寡糖由KDO和庚糖部分组成，而外核心寡糖则取决于细菌的分型。脂寡糖是指细菌中脂多糖的低分子量形式，可分为两种形式：高分子量形式（Mr或平滑）具有高分子量、重复多糖O链，而低分子量形式（低Mr或粗糙）则缺少O链，但有短的寡糖取代其位置。
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