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火星有机分子分析仪将首先蒸发固体有机化合物,以便通过质谱仪进行分析。有机物质的蒸发通过激光解吸和热挥发两种不同技术实现,然后再使用四台气相色谱-质谱仪柱进行分离,最后通过离子阱质谱仪对有机分子进行鉴定。
虽然没有明确的火星生命印迹可供寻找,但较务实的方法是寻找某些分子,如脂质和磷脂,它们可形成能跨地质年代保存下来的细胞膜。脂质和其他有机分子可能表现出非生物有机物质中不存在的生物特征。如果是由生命形式合成,则此类化合物可能仅在较窄分子量范围内高浓度地被发现,不像碳质陨石中检测到的较宽分子量范围内的化合物。在糖和氨基酸的情况下,过多同手性的分子是其生物起源的另一条重要线索。假设火星上的生命像地球一样为碳基和细胞生命,则预计会有共同的组成部分,如氨基酸链和核碱基链(核糖核酸、脱氧核糖核酸或它们的类似物)。此外,在已鉴定出的其它支持证据背景下,一些高分子量的异构体有机物
可能也是潜在的生命印迹。其他检测的目标化合物还包括脂肪酸、甾醇和霍烷(hopanoid)。
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