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原生生物谱系是一个并系群而非单系群,因为它们并不是一个自然分类单元(类群)最早的真核生物也不是植物、动物或真菌,因此,依此定义,原生生物也包含了所有真核生物的共同祖先。,各个大类群之间差异很大且不知道他们的派生关系,过去单纯为了研究方便,将这些细胞结构、繁殖和生活史等方面表现出很大的差异的生物暂时归为一类。
原生生物主要生活在包含液态水的环境中。藻类等原生生物会进行光合作用,同时他们也是生态系统中的初级生产者,在海洋中这类生物属于浮游生物。其他的原生生物会导致一系列的较为严重的人类疾病,这类生物有比如动质体和顶复门动物等,导致的疾病包括部分种类的阿米巴原虫、疟疾和非洲锥虫病等。
单细胞原生生物虽没有细胞分化,为了执行各种生物学功能,结构更为复杂。结构复杂、变异多样的始祖原生生物发展成为现代原生生物的祖先以及多细胞真核生物——植物、真菌和动物。
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