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岩石自养生物参与了许多地质作用过程，例如母质(岩床)风化形成土壤，以及硫、钾和其他元素的生物地质化学循环。未发现的微生物自养菌株的存在是基于其中的一些循环理论，因为需要它们来解释铁还原环境中的铵转化等现象。岩石自养生物可能存在于地下深层(被发现于地球地表下3千米以下处)、土壤和岩内生物群落中。由于它们承担释放许多关键养分的作用，并参与土壤形成。因此，岩石自养生物对维持地球生命至关重要，例如，氮循环就受到硝化螺菌属氨氧化古菌、厌氧氨氧化菌和完全氨氧化菌(COMAMMOX)活性的影响。
一些如铵(NH4+)、硫化氢(H2S)及温室气体甲烷(CH4)等环境危害物，可以被化能自养生物转化为对环境影响较轻的氮气(N2)、硫酸盐(SO42-)和二氧化碳(CO2)，虽然长期来人们认为此类生物体需要氧气来进行这种转化，但最近的研究资料表明，这些系统也存在厌氧氧化.。
岩石自养微生物群是造成酸性矿井废水现象的原因，即存在于尾矿堆和裸露岩石表面的黄铁矿被高能的氧气代谢，产生出亚硫酸盐，当亚硫酸盐溶于水中并暴露在空气氧气中时，就会形成潜在的腐蚀性硫酸 。酸性矿井废水会极大地改变溪流和地下水的酸度和化学性质，并会危及动植物种群。在冰川岩床、土壤里和岩屑堆以及地下深处等自然环境中，也发现了类似酸性矿山废水的活动，但规模则小得多。
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