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* 很大程度的简化了原子列的位置的确定；
* 它是一种非相干成像过程，在结构测定中避免了相差的问题,可以排除由于相差引起的像解析的复杂性；
* 它的衬度依赖于原子序数，不随着物镜的欠焦量和样品的厚度的变化而发生衬度反转；
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几乎大部分的功能性磁振造影都是用BOLD的方法来侦测脑中的反应区域，但因为这个方法得到的信号是相对且非定量的，使得人们质疑它的可靠性。因此，还有其他能更直接侦测神经活化的方法（像是氧抽取率（Oxygen Extraction Fraction, OEF）这种估算多少带氧血红素被转变成去氧血红素的方法；或侦测神经讯号造成的电磁场变化）被提出来，但由于神经活化所造成的电磁场变化非常微弱，过低的信杂比使得至今仍无法可靠地统计定量。
神经信号与血氧浓度比之间的关系目前正在研究中。一般来说，血氧浓度比跟血流量有一定程度的关联，近几十年来有许许多多的研究指出血流量与代谢率之间的关系，也就是说，为了提供养分给神经的代谢所需，血流供应的地点跟时间被严密的控制。
正电子发射计算机断层扫描（Positron emission tomography），或称之为PET扫描技术的研究，给被试服用不同种放射活性物质（但是很安全），这些物质在脑内被活动的脑细胞吸收。磁共振成像（magnetic resonance imaging, MRI）利用磁场和射频波脑内产生脉冲能量，因为脉冲可调谐到不同频段，使一些原子与磁场偶联。当磁脉冲被关掉的瞬间，这些原子振动（共振）并返回到自己的初始态，特殊的射频接收器检测这些共振及其对于计算机的通道信息，据此而产生不同原子在脑区中的定位图像。
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