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设有单层木制建筑一座，于80年代中期，因应小松岛线废线后，南小松岛站代替了原本的中心车站「小松岛站」而进行过翻新工程。，加设了商店位置及更换站舍外壁。现时除了站务室及候车大堂外，亦设有由JR四国属下子公司的面包店「Willie Winkie」，而便利商店则已经结业。
设有岛式月台1座，提供1面2线的配置，有效长度比一较车站为短，只有3辆。月台长度并不能完全容纳第4卡。月台和站舍以平交道连接，位处于月台末端向德岛站方向，为无障碍斜道。有盖候车亭设于月台中央位置。两边转辙器均为Ｙ型，即两边轨道均为对等轨道。
* 1936年7月1日：车站转由日本国有铁道营运。
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核仁显性（Nucleolar dominance）系指部分真核生物细胞中的两个45S核糖体RNA基因（45S rDNA）中只有其中一个有表现（在核仁中转录产生rRNA）的现象，可能与细胞调控rRNA表现总量的机制有关，与哺乳动物的X染色体去活化同为细胞大规模以表观修饰抑制基因表现的案例。
核仁显性最早在杂交种中发现，例如爪蟾属、果蝇属、芸薹属与拟南芥属中两物种杂交而生成的杂交种以及人类与小鼠细胞融合产生的细胞株中，仅有遗传自其中一个亲代的rDNA会被转录，来自另一亲代的rDNA则因DNA甲基化、组蛋白甲基化或组蛋白去乙醯化（可能由小RNA介导）而完全静默，使子代细胞的核仁数目变为亲代的一半。此现象中决定静默基因的机制为非随机，有些生物遗传自特定物种的基因会对另一物种的基因呈显性，例如芸薹属中，黑芥的rDNA对芸薹和甘蓝的rDNA呈显性，而芸薹的rDNA又对甘蓝的rDNA呈显性；而有些生物（如爪蟾）则是以基因组铭印决定表现父本或母本的rDNA，与其物种种类无关。
后续研究也在非杂交种的生物中发现核仁显性的现象，显示其为普遍存在生物细胞中的机制，非杂交种所特有，例如雄性黑腹果蝇中Y染色体上的rDNA对X染色体上的rDNA呈显性，可能是受Y染色体上的特定序列调控，而雌果蝇两个X染色体上的rDNA则为共显性。部分生物的核仁显性皆是随发育过程而渐渐形成，阿拉伯芥刚发芽时细胞中的两个rDNA都会被表现，成熟的组织中才仅表现其中一个rDNA；果蝇的核仁显性也是随发育而逐渐建立。
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