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当植物感受到环境中存在磷亏缺时，其通常倾向于开始分泌独脚金内酯，一方面可以通过抑制分枝减少生长对磷的消耗，而另一方面则可以通过诱导丛枝菌根真菌与植物产生共生，并从中获得更多的磷元素。当土壤中丛枝菌根真菌的的孢子感受到独脚金内酯存在时，其休眠会被打破并开始向独脚金内酯含量高的位置伸长菌丝。真菌细胞核随着菌丝伸长向植物根系靠近，并形成侵染体（PPA），菌丝进而侵入植物细胞并在植物细胞内产生钙离子激增，使植物产生一系列生理变化，同时菌丝在植物细胞内和细胞周围不断生长并形成“丛枝”结构，最终形成植物与真菌的共生。
尽管不同植物中独脚金内酯的某些官能团各不相同，但它们的熔点通常都在 200 到 202 摄氏度之间，而其分子在达到 195 °C 后发生分解。极易溶于极性溶剂，例如丙酮； 溶于苯，几乎不溶于己烷。
独脚金内酯的生物合成途径尚未完全阐明，目前已确定其中部分步骤以及各化学反应步骤所需的酶。 第一步是对β-胡萝卜素中第9个化学键进行异构化，生成9-顺式-胡萝卜素。6 这第一步是由β-胡萝卜素异构酶进行的，又称DWARF27或简称D27，其需要铁作为辅助因子。第二步中，9-顺式-胡萝卜素经由类胡萝卜素裂解脱氧酶 7 (CCD7) 催化，被分解为 9-顺式-胡萝卜醛和β -紫罗兰酮。 在第三步中，另一种类胡萝卜素裂解加氧酶，称为 CCD8（与 CCD7 来自同一家族），催化将上一步中产生的醛转化和重排为 9-顺式-β-阿朴-10' 胡萝卜醛，并随后产生卡拉内酯。目前尚不清楚卡拉内酯究竟是如何转化各种不同独脚金内酯的，但多项研究已经证明卡拉内酯是独脚金内酯的前体。 据推测，在生物合成的最后一步中，应该包括添加至少两个氧分子以将卡拉内酯转化为 5-脱氧独脚金醇，一种简单的独脚金内酯，而其他更复杂的独脚金内酯应该需要进一步氧化来产生。 有研究提出，MAX1蛋白在植物的氧化代谢中发挥的作用，其很有可能被用于催化独脚金内酯生物合成的最后一步。
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