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成熟的HIV蛋白酶以22 kDa同型二聚体形式存在，每个亚基由 99 个氨基酸组成。单个活性位点位于相同的亚基之间，并具有天冬氨酸蛋白酶共有的特征性Asp-Thr-Gly（Asp25、Thr26 和 Gly27）催化三联体序列。由于HIV-1蛋白酶只能作为二聚体发挥作用，因此成熟的蛋白酶包含两个Asp25氨基酸，一个来自每个单体，它们作为催化残基相互结合。此外，HIV蛋白酶有两个分子“襟翼”，当酶与底物结合时，它们移动的距离可达7Å。这可以通过襟翼打开和关闭的动画来可视化。
Gag-Pol多聚蛋白，其中包含过早的编码蛋白，也包括HIV-1蛋白酶。HIV-1蛋白酶位于反转录酶（位于 PR 的 C 端）和转框区（Transframe region，TFR）的p6pol（位于 PR 的 N 端）之间。
为了使该前体成为功能性蛋白质，每个单体必须与另一个HIV-1蛋白酶单体结合，通过各自贡献各自催化三联体的Asp25来形成功能性催化活性位点。
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A3G含有两个典型的胞嘧啶脱氨酶区，其中的C-端已被确认起着调解胞嘧啶脱氨基的作用。
这两个区都分别含有一个催化区，它们是CD1区和CD2区。利用四聚体APOBEC2（A2）蛋白的晶体，
可以推断A3G上的残基存在着电势来调解蛋白质的齐聚反应。
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龚廷祥，字伯兴，号佩潜，直隶常州府无锡县（今江苏无锡市）人，明末政治人物。
龚廷祥为马世奇门生。崇祯十二年（1639年）举人，崇祯十六年（1643年）进士。
弘光年间官中书舍人。弘光元年（清顺治二年，1645年），清兵破南京，龚廷祥闻知老师马世奇殉国，在家设立祭位，哭祭恩师。五月二十三日，穿戴大明冠服，告别文庙，徒步至武定桥，叹道：“大丈夫当洁白光明，置身天壤，勿泛泛若水中凫，与波上下。”遂投秦淮河死。与马世奇、华允诚并称“锡山三忠”。
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