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* 巨自噬作用是主要的自噬途径，主要用于清除受损的细胞器或未被使用的蛋白质。首先，吞噬细胞将需要降解的物质吞噬，并在受损的细胞器周围形成自噬体。然后自噬体穿过细胞的细胞质到达溶酶体，两个细胞器融合。在溶酶体内，自噬体内的内容物通过酸性溶酶体水解酶降解 。
* 微自噬作用涉及将细胞质内的物质直接吞噬到溶酶体中。这是通过内陷发生的，意味著溶酶体膜向内折叠或细胞向外突出。
* 伴侣分子介导自噬作用（CMA）是一个非常复杂和特异的途径，涉及到包含hsc70的复合物的识别。这意味著蛋白质必须包含hsc70复合物的识别位点，这将使其能够与该分子伴侣结合，形成CMA-底物/分子伴侣复合物。然后，该复合物移动到溶酶体膜结合蛋白上，该蛋白将识别并与CMA受体结合。底物蛋白在识别后就解折叠，并在溶酶体hsc70分子伴侣的帮助下，跨越溶酶体膜转运。CMA与其他类型的自噬存在显著差异，因为它以一种一种的方式转运蛋白物质，并且对哪种物质穿过溶酶体屏障具有极高的选择性。
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