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成熟的HIV蛋白酶以22 kDa同型二聚体形式存在，每个亚基由 99 个氨基酸组成。单个活性位点位于相同的亚基之间，并具有天冬氨酸蛋白酶共有的特征性Asp-Thr-Gly（Asp25、Thr26 和 Gly27）催化三联体序列。由于HIV-1蛋白酶只能作为二聚体发挥作用，因此成熟的蛋白酶包含两个Asp25氨基酸，一个来自每个单体，它们作为催化残基相互结合。此外，HIV蛋白酶有两个分子“襟翼”，当酶与底物结合时，它们移动的距离可达7Å。这可以通过襟翼打开和关闭的动画来可视化。
Gag-Pol多聚蛋白，其中包含过早的编码蛋白，也包括HIV-1蛋白酶。HIV-1蛋白酶位于反转录酶（位于 PR 的 C 端）和转框区（Transframe region，TFR）的p6pol（位于 PR 的 N 端）之间。
为了使该前体成为功能性蛋白质，每个单体必须与另一个HIV-1蛋白酶单体结合，通过各自贡献各自催化三联体的Asp25来形成功能性催化活性位点。
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* 1955年－1960年：温德尔·梅雷迪思·斯坦利（Wendell Meredith Stanley）
* 1960年－1968年：桑德斯·麦克兰恩（Saunders Mac Lane）
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