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1870年，乌拉尔自然科学爱好者学会在叶卡捷琳堡成立，该学会以推广乌拉山脉与周围地区自然科学的研究为宗旨，随著学会成员增多，其涵盖的研究领域也逐渐增加，并开始在俄罗斯其他城市设立分会。1890年11月，彼尔姆的分会首次召开会议，展开当地博物馆（即彼尔姆博物馆）的设置工作，被认为是博物馆创建之始，1894年1月25日博物馆的第一栋大楼开始对公众开放。1897年博物馆第一次搬迁，改名为彼尔姆科学与工业博物馆，馆中有科学家举办讲座，供访客免费参加。根据博物馆纪录，此博物馆是1916年彼尔姆国立大学成立以前，彼尔姆唯一的高等教育机构。
苏联建立后，博物馆继续运营，不过政府资助博物馆的经费大为减少，使其一度只有办法维持大楼的基本维修与暖气。1920年、1931年与1941年博物馆均曾搬迁，过程中大多数的藏品都得以保存。1957年，博物馆改名为彼尔姆地方故事博物馆。
苏联后期博物馆仍持续扩建，并合并了当地一些较小的博物馆。苏联解体后，2000年彼尔姆地方故事博物馆与俄罗斯国家历史博物馆合作，在莫斯科举办了以彼尔姆为主题的展览。2007年博物馆改为现名，同年11月博物馆的主要展厅迁入Meshkov House的现址。
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