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粟酒裂殖酵母最早于1893年由德国微生物学家保罗·林德纳自东非的Millet beer中分离，种小名pombe源于斯瓦希里语的「啤酒」。1950年代瑞士遗传学家Urs Leupold使用本种为遗传学研究的模式生物，后来英国生物学家默多克·密契森使用本种为模式生物研究细胞周期，保罗·纳斯成功将两者结合，使用本种研究细胞周期而获颁2001年的诺贝尔生理学或医学奖。粟酒裂殖酵母的基因组于2002年由桑格研究所领导的团队定序完成，为第6种被完整定序的真核生物（前五种依序为酿酒酵母、秀丽隐杆线虫、黑腹果蝇、阿拉伯芥与人类）。以本种为模式生物的研究人员已建立名为PomBase的Model organism database，纪录其基因组序列、各基因名称与位置、与人类基因的同源性等。2006年有研究发表本种所有蛋白在细胞中分布的位置。

目前已知的粟酒裂殖酵母株系超过160种，见于多种酒精饮料中，康普茶中也有发现粟酒裂殖酵母。

分子种系发生学研究显示在子囊菌门的演化树中，粟酒裂殖酵母所在的演化支位于较基部的位置，酿酒酵母则位于较深处，与后者相比，粟酒裂殖酵母和两者的共祖较相似，酿酒酵母则累积了较多的演化变异，例如酿酒酵母已失去了超过300个粟酒裂殖酵母与动物共有的基因，而粟酒裂殖酵母只失去了179个酿酒酵母与动物共有的基因。截至2015年，PomBase纪录粟酒裂殖酵母编码蛋白质的基因有5054个（酿酒酵母则有5821个，但此数目受旁系同源物与酿酒酵母在演化上经历过两次基因组重复事件的影响）。粟酒裂殖酵母的基因组长约13.8Mb，与酿酒酵母的12.5Mb接近，但前者只有3个染色体（分别长5.7、4.6与3.5Mb），后者则有16个较小的染色体，其中最大者仅长1.5Mb。另外粟酒裂殖酵母染色体的中节和动物的较为相似，许多两者中节共有的蛋白皆不见于酿酒酵母。

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